Barcelona B

Ngày 26 tháng 5 năm 2008, Luis Enrique trở lại Barcelona, tiếp quản vị trí huấn luyện của đội B vừa được đổi tên thành Barcelona Atlètic trong mùa giải đó.[16] Vào giữa tháng 3 năm 2011, Luis Enrique tuyên bố ông sẽ rời Barcelona B vào cuối mùa, mặc dù vẫn còn hai năm trong hợp đồng.[17] Ông đã đưa đội bóng đến trận playoff, nhưng không đủ điều kiện để thăng hạng.[18]

Roma

Ngày 8 tháng 6 năm 2011, Luis Enrique đạt một thỏa thuận với câu lạc bộ từ Serie A A.S. Roma để trở thành vị thuyền trưởng mới của Gialloross. Ông ký một hợp đồng hai năm kèm với đội ngũ huấn luyện gồm bốn người: trong đó có cộng tác viên kĩ thuật là Iván de la Peña, người từng chơi hai năm cho đội bóng kình địch cùng thành phố S.S. Lazio.[19]

Roma bị loại khỏi UEFA Europa League bởi ŠK Slovan Bratislava, giữa những tranh luận gay gắt về việc thay huyền thoại Francesco Totti bằng cầu thủ Stefano Okaka. Đội bóng thủ đô cũng nhận trận thua đầu tiên tại giải nội địa trước Cagliari Calcio, đánh dấu trận thua mở màn thứ ba của đội trong 18 năm.[20]

Barcelona

Ngày 19 tháng 5 năm 2014, có thông tin công bố Luis Enrique sẽ trở lại Barcelona để làm huấn luyện viên, sau khi đồng ý một bản hợp đồng ba năm. Ông được đề nghị hợp đồng bởi giám đốc thể thao Andoni Zubizarreta, cựu đồng đội ở tuyển quốc gia.[3] Trận đấu đầu tiên của ông là trận thắng 3-0 trên sân nhà trước Elche CF, nơi ông cho ra mắt những bản hợp đồng mới như Claudio Bravo, Jérémy Mathieu và Ivan Rakitić, và sản phẩm cây nhà lá vườn Munir El Haddadi, Rafinha và Sandro Ramírez, trong khi bom tấn mùa hè Luis Suárez vắng mặt do bị treo giò.[21]

Mặc dù để thua sân khách trước Real Sociedad, có một thay đổi đáng kể trong phong độ của Barcelona sau khi Enrique thay đổi đội hình. Ông cân bằng kỷ lục 11 chiến thắng liên tiếp của Pep Guardiola,[22] trong khi đội tiếp tục đánh bại Atlético Madrid và Villarreal CF một cách thuyết phục tại cúp Nhà vua để tiến đến trận chung kết. Tại giải quốc nội, sau khi thắng 8 trên 9 trận, đội bóng đã trở lại vị trí đầu bảng sau 15 tuần.[23]

Ngày 21 tháng 4 năm 2015, Luis Enrique tạo nên trận thắng thứ 42 sau 50 trận dẫn dắt Barcelona với chiến thắng 2-0 trước Paris Saint-Germain, một kỷ lục của một huấn luyện viên.[24] Ông đưa đội bóng đến trận chung kết của UEFA Champions League và vào ngày 17 tháng 5, ông giúp Barca giành danh hiệu vô địch quốc gia thứ 23 sau trận thắng 1-0 trước Atlético Madrid tại sân vận động Vicente Calderón.[25][26] Ngày 6 tháng 6, sau khi đoạt cúp nội địa trước Athletic Bilbao với cùng tỉ số trên, Barcelona hoàn tất cú ăn ba với trận thắng 3-1 trước Juventus trong trận chung kết diễn ra tại Berlin,[27] và ba ngày sau ông đã đặt bút kí bản hợp đồng mới đến 2017.[28]